Jako ředitel Státního zemědělského intervenčního fondu čelil Martin Šebestyán kritice kvůli postupu fondu během auditu ke střetu zájmů expremiéra a šéfa hnutí ANO Andreje Babiše a dotací pro Agrofert. Letos v srpnu musel ve vedení fondu skončit. A před měsícem odešel i z další veřejné funkce. Dál nebude působit v dozorčí radě Podpůrného a garančního rolnického a lesnického fondu. Ministr zemědělství Zdeněk Nekula (KDU-ČSL) mu neprodloužil mandát.