Nejen investiční dotace, ale také tzv. přímé platby vyplácené na plochu by mohly české úřady vymáhat po Agrofertu. Ty se totiž skrývají v částce 4,5 miliardy korun, kterou zmínil ministr zemědělství Zdeněk Nekula (KDU-ČSL). V minulosti přitom Brusel i české úřady tvrdily, že audit se těchto peněz netýká. A Státní zemědělský intervenční fond je koncernu ve svěřenských fondech bývalého premiéra Andreje Babiše (ANO) i přes audit vyplácí dál.